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甲基化测序(RRBS)
RRBS(Reduced Representation Bisulfite Sequencing) 利用限制性内切酶对基因组进行酶切，可以极大幅度的提高CpG区域的测序深度。
ChIP-Seq
ChIP-Seq采用特异抗体对目的蛋白进行免疫沉淀，对其进行纯化和文库构建，再通过高通量测序，在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA。